發現北投石的是一位日本學者─岡本要八郎先生。岡本要八郎出身於日本愛知縣，自幼就對礦物學深具研究興趣，日據時代屢赴全島各地採集各種礦物標本。明治三十八年(1905)間，岡本先生行走於北投溪四處採集礦石，同時拍照記錄。有一次拍完照之後，把底片放置於北投溪石之上，回家之後發現底片已經曝光。於是將北投溪石送往東京化驗，證實其含有「鐳放射性」，可使底片感光，十分意外的發現了罕見的北投石因而聲名大噪，並引起國際間極大震撼。

      1912年11月20日，國際礦物會議於蘇俄Petersburg召開，正式發表並命名為「北投石Hokutolite」(北投日語為Hokuto) ，讓北投的名字，留在世界礦物學術界上。由於其聲名遠播，日本裕仁皇太子也於1923年親蒞北投溪探勘。1933年11月26日北投石被公告為「天然紀念物」，嚴禁採取，使它能永為世人觀賞或研究。而後在1952年更進一步將其指定為特別天然紀念物，且是唯一被指定的礦物。

     過去的文獻指出，北投石分布於距地熱谷口以下100到400公尺間的一段河床。此段溪中水淺微溫，溪底布滿安山岩或粗粒白砂岩的礫石，符合生成條件；其中又以「瀧乃湯」浴室旁的北投溪所生產的北投石結晶較為完整。然而日人結束台灣的統治後，因為政府不注重此一稀有礦物的保護，因此遭到嚴重盜採的命運，至今在北投溪中的北投石已不多見。